Nació en Antioquía, probablemente en el año 349. En los años juveniles llevó una vida monástica en su propia casa, y luego, cuando murió su madre, se retiró al desierto en donde estuvo durante 6 años. De allí fue llamado a la ciudad y fue ordenado diácono, y después de 5 años fue ordenado sacerdote, convirtiéndose en un celoso colaborador en el gobierno de la Iglesia de Antioquía.
La especialización pastoral de Juan era la predicación, en la que sobresalía por sus cualidades oratorias y su profunda cultura, de allí el sobrenombre de Crisóstomo, es decir "boca de oro", que le fue dado después por los bizantinos. Fue llamado a suceder al patriarca Netario en la cátedra de Constantinopla. Emprendió inmediatamente una actividad pastoral y organizativa que suscitó admiración y desconcierto. Juan era un predicador insuperable, pero no era diplomático, y por eso no se cuidó de las intrigas de la corte bizantina. Fue depuesto ilegalmente por un grupo de obispos dirigidos por Teófilo, obispo de Alejandría, y desterrado con la complicidad de la emperatriz Eudósia; inmediatamente después fue llamado por el emperador Arcadio, pero luego de dos meses fue nuevamente desterrado. Durante este ultimo viaje, el 14 de septiembre del año 407, murió. De sus numerosos escritos, se tiene un pequeño volumen sobre el sacerdocio, que es una obra clásica de la espiritualidad sacerdotal.