En julio de 1216, San Francisco de Asís pidió en Perusa al Papa Honorio III que todo el que, contrito y confesado, entrara en la iglesita de la Porciúncula, ganara gratuitamente una indulgencia plenaria, como la ganaban quienes se enrolaban en las Cruzadas, y otros que sostenían con sus ofrendas las iniciativas de la Iglesia. De ahí el nombre de Indulgencia de la Porciúncula, Perdón Asís, Indulgencia o Perdón de las rosas (por el prodigio que medió en su confirmación según alguna tradición tardía) u otros parecidos.

Más allá de las controversias históricas acerca de los orígenes y circunstancias de la concesión de la Indulgencia, lo cierto es que la Iglesia ha seguido, hasta nuestros días, otorgando y ampliando esa gracia extraordinaria. En la actualidad, esta Indulgencia puede lucrarse no sólo en Santa María de los ángeles o la Porciúncula, sino en todas las iglesias franciscanas, y también en las iglesias catedral y parroquial, cada 2 de agosto, día de la Dedicación de la iglesita, una sola vez, con las siguientes condiciones: 1) visitar una de las iglesias mencionadas, rezando la oración del Señor y el Símbolo de la fe (Padrenuestro y Credo); 2) confesarse, comulgar y rezar por las intenciones del Papa, por ejemplo, un Padrenuestro con Avemaría y Gloria; estas condiciones pueden cumplirse unos días antes o después, pero conviene que la comunión y la oración por el Papa se realicen en el día en que se gana la Indulgencia.

En la pequeña capilla de la Porciúncula fue donde San Francisco fundó la Orden de los Frailes Menores en el 1209, confiándola a la protección de la Virgen Madre de Cristo, a quien le ha sido dedicada la iglesia. Aquí vivió San Francisco con sus primeros hermanos. El 28 de marzo de 1211 Clara de Favarone de Offreduccio (Santa Clara de Asís), recibió aquí el hábito religioso de manos de San Francisco, dando inicio a la Orden de las Damas Pobres (Clarisas). En el 1216, en una visión, Francisco fue animado por el mismo Jesús a pedir a la Iglesia la indulgencia conocida como "la indulgencia de al Porciúncula" o "el Perdón de Asís", la cual fue aprobada por el papa Honorio III. Aquí san Francisco reunía cada año a sus frailes en los capítulos (reuniones generales). Aquí también murió san Francisco.